I am having an error as seen below. Would very much appreciate any assistance in finding the bug. Obviously it is somewhere in my seq.fasta or input PDB. The zip of the directory is attached.
4.1 run simulation
init.dat is wrong!!!!! 1 - 4gzkA ne HIS MUSTER
init.dat is wrong!!!!! 1 - 4gzkA ne LEU MUSTER
You have 2 errors in your input files. Please fix these problems before you run TASSER
There are problems with your input files
Please check before simulation
The command run was:
runI-TASSER.pl -libdir /n/shared_db/I-TASSERLib -seqname seq.fasta -restraint4 protein.pdb -nmodel 2 -datadir .
The seq.fasta is:
MREIVHLQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLERINVYYNEATGGKYVPRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEEGEFEEEAEEEVA
After reviewing the form, I saw a prior issue was related to 'invidible characters'. So I ran this python line to print out all the characters:
python -c 'print list(open("seq.fasta").read())'
['M', 'R', 'E', 'I', 'V', 'H', 'L', 'Q', 'A', 'G', 'Q', 'C', 'G', 'N', 'Q', 'I', 'G', 'A', 'K', 'F', 'W', 'E', 'V', 'I', 'S', 'D', 'E', 'H', 'G', 'I', 'D', 'P', 'T', 'G', 'T', 'Y', 'H', 'G', 'D', 'S', 'D', 'L', 'Q', 'L', 'E', 'R', 'I', 'N', 'V', 'Y', 'Y', 'N', 'E', 'A', 'T', 'G', 'G', 'K', 'Y', 'V', 'P', 'R', 'A', 'V', 'L', 'V', 'D', 'L', 'E', 'P', 'G', 'T', 'M', 'D', 'S', 'V', 'R', 'S', 'G', 'P', 'F', 'G', 'Q', 'I', 'F', 'R', 'P', 'D', 'N', 'F', 'V', 'F', 'G', 'Q', 'S', 'G', 'A', 'G', 'N', 'N', 'W', 'A', 'K', 'G', 'H', 'Y', 'T', 'E', 'G', 'A', 'E', 'L', 'V', 'D', 'S', 'V', 'L', 'D', 'V', 'V', 'R', 'K', 'E', 'A', 'E', 'S', 'C', 'D', 'C', 'L', 'Q', 'G', 'F', 'Q', 'L', 'T', 'H', 'S', 'L', 'G', 'G', 'G', 'T', 'G', 'S', 'G', 'M', 'G', 'T', 'L', 'L', 'I', 'S', 'K', 'I', 'R', 'E', 'E', 'Y', 'P', 'D', 'R', 'I', 'M', 'N', 'T', 'F', 'S', 'V', 'V', 'P', 'S', 'P', 'K', 'V', 'S', 'D', 'T', 'V', 'V', 'E', 'P', 'Y', 'N', 'A', 'T', 'L', 'S', 'V', 'H', 'Q', 'L', 'V', 'E', 'N', 'T', 'D', 'E', 'T', 'Y', 'C', 'I', 'D', 'N', 'E', 'A', 'L', 'Y', 'D', 'I', 'C', 'F', 'R', 'T', 'L', 'K', 'L', 'T', 'T', 'P', 'T', 'Y', 'G', 'D', 'L', 'N', 'H', 'L', 'V', 'S', 'A', 'T', 'M', 'S', 'G', 'V', 'T', 'T', 'C', 'L', 'R', 'F', 'P', 'G', 'Q', 'L', 'N', 'A', 'D', 'L', 'R', 'K', 'L', 'A', 'V', 'N', 'M', 'V', 'P', 'F', 'P', 'R', 'L', 'H', 'F', 'F', 'M', 'P', 'G', 'F', 'A', 'P', 'L', 'T', 'S', 'R', 'G', 'S', 'Q', 'Q', 'Y', 'R', 'A', 'L', 'T', 'V', 'P', 'E', 'L', 'T', 'Q', 'Q', 'M', 'F', 'D', 'A', 'K', 'N', 'M', 'M', 'A', 'A', 'C', 'D', 'P', 'R', 'H', 'G', 'R', 'Y', 'L', 'T', 'V', 'A', 'A', 'V', 'F', 'R', 'G', 'R', 'M', 'S', 'M', 'K', 'E', 'V', 'D', 'E', 'Q', 'M', 'L', 'N', 'V', 'Q', 'N', 'K', 'N', 'S', 'S', 'Y', 'F', 'V', 'E', 'W', 'I', 'P', 'N', 'N', 'V', 'K', 'T', 'A', 'V', 'C', 'D', 'I', 'P', 'P', 'R', 'G', 'L', 'K', 'M', 'S', 'A', 'T', 'F', 'I', 'G', 'N', 'S', 'T', 'A', 'I', 'Q', 'E', 'L', 'F', 'K', 'R', 'I', 'S', 'E', 'Q', 'F', 'T', 'A', 'M', 'F', 'R', 'R', 'K', 'A', 'F', 'L', 'H', 'W', 'Y', 'T', 'G', 'E', 'G', 'M', 'D', 'E', 'M', 'E', 'F', 'T', 'E', 'A', 'E', 'S', 'N', 'M', 'N', 'D', 'L', 'V', 'S', 'E', 'Y', 'Q', 'Q', 'Y', 'Q', 'D', 'A', 'T', 'A', 'E', 'E', 'E', 'G', 'E', 'F', 'E', 'E', 'E', 'A', 'E', 'E', 'E', 'V', 'A', '\n']